1- هزینه ها: ارائه خدمات حمل و نقل خوب و مناسب، هزینه‌های بالایی را برای فروشگاه اینترنتی ایجاد می‌کند. این هزینه ممکن است به گونه‌ای باشد که در مقایسه با حجم فروش، سودآوری فروشگاه را کاهش دهد.

2- مشکلات حمل و نقل: عواملی مانند ترافیک، بارش باران و عدم توافق با شرکت حمل و نقل ممکن است باعث تأخیر در تحویل سفارشات شود یا حتی ممکن است برخی از سفارشات به طور کامل از بین بروند.

3- کنترل کیفیت: بسته بندی و ارسال بموقع، نیازمند همکاری با شرکت‌های حمل و نقل مختلف است که ممکن است کیفیت خدمات آن‌ها متفاوت باشد و باعث ایجاد مشکلات در کنترل کیفیت سفارشات شود.

4-نداشتن سرمایه کافی برای تامین جنس: حتما برایتان پیش آمده که برای تهیه جنس یا راه اندازی کسب و کاری جدید دچار مشکلاتی شده اید و بدلیل نداشتن سرمایه لازم و تبعات بعد از آن، از ادامه کار صرف نظر کرده اید.

5-تهیه انبار مناسب برای اجناس: داشتن انبار و مکان مناسب که بتوان اجناس را در آن نگهداری کرد از چالش های مهم و بزرگ فروشگاه ها است.